Berberin hidrohlorid se uglavnom koristi za lečenje gastroenteritisa, bakterijske disenzure i drugih crevnih infekcija, konjuktivitisa, suppurativnog srednjeg otitisa i drugih efikasnih. Takođe je utvrđeno da blokira alfa-receptore i sprečava aritmiju. Ima inhibitorne efekte na Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi i Amoeba. Klinički se uglavnom koristi za intestinalne infekcije i bacilarnu disenziju. U poslednje vreme, ovaj proizvod takođe ima anti-aritmijske efekte. Berberine ima jaku anti-tumorsku aktivnost in vitro i in vivo i može izazvati diferencijaciju ćelija B16; ima sinergistički efekat sa citarabin hidrohloridom in vitro za lečenje infekcije creva, disenziju očiju i druge crevne infekcije, konjunktivitis, efikasan je suppurativni otitis medijum.
